其主要原理是通过荧光基团标记的特异性探针(Taqman探针或分子信标)对基因扩增产物进行标记跟踪，实时在线监控反应过程，结合相应软件对产物进行分析。目前，实时荧光定量PCR技术主要用于检测临床标本中是否存在MTB复合群及其对利福平的耐药性，检测的标本类型包括痰、胸腔积液及脑脊液等标本，检测结果阳性可视同标本中存在MTB复合群。