在基层医疗卫生机构的发展过程之中，需要积极完善预算管理机制，从本质上保证财务预算的有序性。作为基层医疗卫生机构的重要发展基础，预算管理机构需与基层医疗卫生机构实际情况相符合，并且根据目标设立预算管理机构，实施权责分明，加强领导，构建完善的预算管理机制，并且要对整个预算执行结果进行检查，从根本上做好预算执行的考核评价制度，保证基层医疗卫生机构的预算管理能够得到创新发展，能够真正发挥出自身的价值与作用。
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